Bu durum, gelini Safiye Sultan tarafından yadırganır ve eşi Sultan III. Murat'a şikayet konusu olurmuş. Bir yemek davetinde annesinin bu hareketini gören III. Murat, annesine sert bir dille avucunu açmasını söylemiş. Nurbanu Sultan avucunu açtığında, o ekmek tanecikleri oğluna ve gelinine birer inci gibi görünmüş. Bundan şaşkınlığa uğrayan ve annesine karşı mahcup duruma düşen III. Murat bu eziklikle Mısır Seferi'ne çıkacağı sırada annesinden helallik istemiş, Nurbanu Sultan da hakkını helal etmesi için; kendi adına bir külliye yaptırmasını ve içersinde herşeyin bulunmasını söylemiş. Mısır Seferi'nden başarıyla dönen III. Murat annesine vermiş olduğu sözü yerine getirmek üzere eseri nereye yaptırmak istediğini sormuş. Annesi de başındaki yemeniyi çıkarıp rüzgara karşı bırakmış. Yemeni uçmuş ve şu anda caminin bulunduğu arazinin içerisinde bir ağaca takılı olarak bulunmuş. O devrin en gözde mimarı Mimar Sinan eserin yapılacağı yere davet edilmiş ve zemini uygun görüp, muhteşem eseri buraya yapmaya karar vermiş. 19. yüzyılda özellikle yoksul vatandaşların tedavilerinin yapıldığı bir hayır kurumuna dönüşen mekân, 1865’teİstanbul’da baş gösteren kolera salgını süresince hastane olarak kullanılmıştır. Bir süre askeri depoya da dönüştürülen yapı,1873 yılında ise akıl hastanesi olarak hizmet vermeye başlamış, bu durum 1927’de Mazhar Osman’ın buradaki hastaları Bakırköy’e nakletmeyi önermesine kadar sürmüştür. Sekiz yıl sonra bina bir kez daha kimlik değiştirerek, 1935’te Gümrük ve Tekel Bakanlığı tarafından tütün atölyesi olarak kullanılmaya başlanmıştır. 1976’da Vakıflar Genel Müdürlüğü’ne devredilen binanın darülhadis bölümü de cezaevi olarak kullanılmıştır. Geriye kalan aşhane, tabhane ve kervansaray bölümleri meslek lisesi olarak hizmet vermiş, 1978-1982 yılları arasında da bina imam hatip lisesi olarak faaliyet göstermiştir.
